摘要:为了解四川核桃（Juglans）种质资源的遗传多样性，利用RAD二代测序技术对42份核桃良种资源进行测序，分析其遗传结构和遗传多样性。结果表明，共获得70G clean data，Q30平均为96.3%，并获得160 309个多态性SNPs。聚类、遗传结构和主成分分析结果高度一致，42份种质资源聚为两大类，基本反映了两个原始祖先血统，即普通核桃类（AJR，33份）和泡核桃类（AJS，9份），两类群具较高的遗传分化（FST=0.285），且分类与地理位置分布和种群相关；且修正了‘威薄01’、‘白龙1号’和‘石棉巨核’3个品种的类群认定。AJS和AJR类群中分别有9和14个良种为纯血统且亲缘关系较远，而其余的良种均为两个血统的混杂。42个核桃良种资源的核苷酸多样性[Pi（π）]和期望杂合度（He）分别为0.029和0.286，表明这些资源具有丰富的遗传多样性，相对于AJR类群，AJS类群的杂合率（He）与核苷酸多态性更大，而SNP数更少，AJS遗传多样性更丰富。这些为四川的核桃种质资源保存和杂交育种研究奠定了基础。