柠檬香茅(Cymbopogon citratus)为禾本科(Poaceae)香茅属多年生具香味草本植物，广泛种植于非洲东部及西印度群岛等热带地区，中国福建、台湾、广东、广西及海南有栽培^[1]。柠檬香茅具有特殊柠檬香气，传统常用来烹饪调味、提取香茅精油及园林造景等^[2–3]。近年来，由于柠檬香茅含有类黄酮等天然抗菌物质，在饲料防腐、改善禽畜品质、抑菌防病、调节机体功能及提高免疫力等起重要作用, 因此，使用柠檬香茅作为抗生素饲料添加剂，在畜禽养殖业中展示了很好的应用前景^[4–6]。类黄酮也叫黄酮类化合物，其母核为2-苯基色原酮的一类重要的多酚类次生代谢产物，具有C6-C3-C6的基本化学结构^[7]，其所含的多个酚羟基可清除自由基及抗机体氧化，是其具有多种生理功能的基本生物学基础^[8]。类黄酮根据C环部分的成环、氧化、取代等方式差异，可分为黄酮、黄酮醇、黄烷酮、异黄酮、查尔酮、花青素、橙酮类等以及上述各类的二氢衍生物^[9–10]。类黄酮广泛存在于从苔藓到种子等各种植物体内，参与到植物对生物和非生物胁迫的响应中，并对植物抵抗逆境胁迫起到重要作用^[11–12]。类黄酮对人体具有强大的生物活性，如抗菌消炎、抗氧化延缓衰老、清热解毒、抗癌防癌、治疗心脑血管疾病及保持健康方面等多种功效^[13–15]。类黄酮合成途径大致分为前期和后期两个阶段^[16]，前期合成包括了查尔酮合酶(CHS)、查尔酮异构酶(CHI)和黄烷酮3-羟化酶(F3H)，它们是参与所有下游类黄酮生物合成途径的共有基因^[17]。类黄酮合成途径中原花青素和花青素的后期合成基因则包括了类黄酮3′-羟化酶(F3′H)、类黄酮3′5′-羟化酶(F3'5'H)、二氢黄酮醇还原酶(DFR)、花青素合酶(ANS)和类黄酮-3-O-葡糖基转移酶(UF3GT)^[18]；无色花青素还原酶(LAR)和花青素还原酶(ANR)分别催化无色花青素形成黄烷-3-醇(如儿茶素)和催化花青素形成表-黄烷-3-醇(如表儿茶素)^[19]；此外，黄酮合酶(FNS)控制着黄烷酮向黄酮的转化，而黄酮醇合酶(FLS)则将二氢黄酮醇催化为黄酮醇^[20]。

香茅的研究主要集中在精油(挥发性单萜)的提取及应用等方面^[21–23]。目前，并未见香茅类黄酮相关研究报道，而植物类黄酮成分鉴定、功效评价以及类黄酮代谢过程中相关基因的遗传调控等一直为研究热点^[24–26]。然而，随着香茅种植面积扩大及所需土地利用率的提高，香茅种植常出现间作及套种等栽培模式，因此香茅常在光线不够充足环境下种植生长。本研究以光照和遮阴下的柠檬香茅为材料，通过代谢组检测结合转录组测序，分析柠檬香茅类黄酮差异成分及合成代谢相关差异表达酶基因信息，为进一步完善香茅种植模式及进行香茅类黄酮具体成分功效评价、生物合成相关基因工程等研究打下良好基础。

试验材料为福建漳州当地种植的柠檬香茅(Cymbopogon citratus)，初夏分株繁殖种植于试验盆中，其中3盆放置大田阳光照射充足处，另3盆放置大田覆盖遮光率为60%的遮阳网。分株种植3个月后，取光照及遮阴环境下生长的两组柠檬香茅嫩叶各6份，每组3份嫩叶进行代谢组学比较分析, 另3份进行转录组学比较分析，同时在进行转录组研究的光照及遮阴两组柠檬香茅嫩叶中，各取1份进行目的基因qRT-PCR验证，3次重复。

分别取光照及遮阴环境下生长的柠檬香茅嫩叶，各3次重复共6份材料。每份样品依次通过冷冻干燥机(Scientz-100 F)干燥，研磨仪(MM 400, Retsch)研磨，甲醇提取液提取，取上清及微孔滤膜过滤, 滤液存放进样瓶中进行超高效液相色谱串联质谱(UPLC-MS/MS)分析^[27]。基于百迈客公司所建的采用化学标品结合同公共库的二级谱图进行比对建立的数据库MWDB (metware database), 通过二级谱信息进行柠檬香茅代谢物的定性定量, 进一步进行类黄酮代谢物的筛选，相对含量取平均值。

分别取光照及遮阴环境下生长的柠檬香茅嫩叶，各3次重复共6份材料。每份样品依次进行RNA提取，等量混合组成RNA池，磁珠富集mRNA, 逆转录成cDNA，连接测序接头，制备测序文库，PCR富集测序样本，Illumina HiSeq 2500测序平台测序及数据分析^[28]。进一步进行类黄酮合成代谢相关酶基因筛选，相关合成酶基因相对表达量取3次重复的平均值。

从用于转录组测序的柠檬香茅嫩叶中，挑选光照(标号：阳1-1)和遮阴(标号：阴1-1)各1个样本的总RNA进行OD值测定，质量合格的柠檬香茅总RNA采用Aidlab公司反转录试剂盒(TUREscript 1st Stand cDNA Synthesis Kit)进行反转录，根据反转录试剂盒说明书中的反应体系及条件，合成两种环境下生长的柠檬香茅嫩叶cDNA，以其为模板，进行其中5个类黄酮合成酶基因的qRT-PCR检测(相关合成酶基因及其引物序列见表 1)，每个合成酶基因检测3次，结果取平均值。

表 1(Table 1)

表 1 荧光定量PCR分析的5个基因及所合成的引物 Table 1 qRT-PCR primers for 5 selected genes 编码 ID 基因 Gene 引物序列  Primer sequence (5′~3′) 正向  Forward 反向  Reverse C99566.2 内参基因 Actin TTTGACATGGCTGTTGAAACT TTGGAAATACCCGACTGAAGA C99177.1 类黄酮3′-羟化酶 F3′H ACCTCTCCGGGATGAACT GTGTTCGTCAACGTGTGG C102417.0 类黄酮3′-羟化酶 F3′H CGACTAGAGGCGTTACAT TGTGTCAGCAGTACAACA C99741.0 异黄酮还原酶 IFR TGGAGTTTCAGAGTGTGA AAGACGAGACCAGTACAA C102638.1 异黄酮还原酶 IFR TCGAATGCAAGTGACAGGT TTCACAATAACAAGACGCTGAC C51975.0 异黄酮合成酶 IFS AGGTCCTCAGTCTTCTATG TGCCCACATGCTTATTTAG

表 1 荧光定量PCR分析的5个基因及所合成的引物 Table 1 qRT-PCR primers for 5 selected genes

代谢组分析光照及遮阴环境下生长的柠檬香茅嫩叶，进一步进行类黄酮具体成分及其相对含量比较分析。结果表明，柠檬香茅所含类黄酮化合物共69种(表 2)，具体包括黄酮化合物24种、黄酮醇13种、黄烷酮7种、黄烷醇2种、异黄酮10种、查尔酮7种、花青素2种以及紫檀素、原花青素、黄酮聚合物和橙酮类各1种。绝大多数类黄酮化合物在光照环境下相对含量偏高，尤其黄酮中芦丁、去甲基托罗沙黄酮、荭草素阿拉伯呋喃糖苷和鼠李糖基人参素，黄酮醇中紫云英苷，异黄酮中葡萄糖醇等代谢物在光照环境下相对含量显著提高。然而黄酮中芹菜素鼠李糖苷，黄酮醇中淫羊藿属苷C和槲皮素二甲醚异戊酸，异黄酮中刺芒柄花素昆布苷和刺芒柄花苷等少量代谢物在光照环境下相对含量更低。

表 2(Table 2)

表 2 69种类黄酮及其相对含量 Table 2 69 Flavonoids and their related contents 二级分类 Class Ⅱ 编码 ID 化合物 Compound 相对含量 The relative content 光照 Light 遮阴 Shading 黄酮 Flavone pos_213 异粟米草素葡萄糖苷 Isomollupentin glucoside 325.51±4.95a 270.45±6.25b pos_70 香豆素二葡萄糖苷 Tomentin 6, 4′-diglucoside 168.67±16.73a 50.85±13.99b pos_384 洋芹苷 Apiin 117.44±14.78a 80.54±28.50a pos_230 荭草素阿拉伯呋喃糖苷 Orientin arabinofuranoside 55.06±7.63a 6.60±1.85b pos_174 鼠李糖基人参素 Rhamnosyl genkwanin 51.48±5.71a 7.10±2.79b pos_103 黄酮碳甙 Maysin 21.46±4.62a 17.14±2.82a pos_170 毛地黄黄酮半乳糖苷 Luteolin 5-galactoside 16.89±6.04a 8.41±4.96a pos_512 芦丁 Rutin 27.32±6.37a 2.75±1.56b pos_84 甲基玉米可凝性球蛋白 Methylmaysin 20.37±12.56a 9.57±2.11a pos_269 二羟基二甲氧基黄酮 Precatorin Ⅱ 11.66±5.94a 5.49±1.51a pos_238 芹菜素鼠李糖苷 Apigenin rhamnosyl 8.20±2.94a 28.80±4.80b pos_338 金雀花素2″-O-葡萄糖甙 Scoparin 2″-O-glucoside 7.72±1.63a 5.85±1.66a pos_32 香叶木素 Diosmetin 6.17±0.72a 1.24±0.32b pos_247 去甲基托罗沙黄酮 Demethyltorosaflavone 5.01±0.41a 0.50±0.20b pos_341 二甲氧基呋喃黄酮 Dimethoxyfurano flavone 3.85±0.35a 2.29±0.50a pos_212 毛地黄黄酮葡糖苷 Luteolin glucoside 3.33±0.86a 1.13±0.12a pos_349 三甲氧基黄酮 Trimethoxyflavone 1.49±0.77a 0.56±0.07a pos_132 白杨素龙胆二糖苷 Chrysin gentiobioside 1.46±0.13a 1.01±0.08b pos_37 托罗沙黄酮 Torosaflavone 1.34±0.74a 0.61±0.25a pos_202 四羟基黄酮 Tetrahydroxyflavone 1.20±0.71a 0.30±0.02a pos_146 五甲氧基黄酮 Methylenedioxyflavone 1.15±0.49a 0.39±0.01a pos_606 芫花素 Genkwanin 0.12±0.01a 0.04±0.02a pos_580 芹菜素 Apigenin 0.11±0.02a 0.10±0.01a pos_640 5, 7-二羟黄酮5, 7-Dihydroxyflavone 0.03±0.02a 0.01±0.01a 黄酮醇 Flavonol pos_454 紫云英苷 Astragalin 158.26±9.95a 10.46±4.67b pos_65 山奈酚二鼠李糖甙 Kaempferol 7, 4′-dirhamnoside 66.66±9.17a 29.28±6.95b pos_214 槲皮苷阿拉伯吡喃糖苷 Quercetin arabinopyranoside 45.23±4.82a 21.21±2.25a pos_371 三酰化黄酮醇 Dorsilurin 8.81±2.43a 7.69±1.12a pos_310 淫羊藿属苷 Epimedoside 28.71±1.18a 88.17±6.49b pos_167 异鼠李素木糖基半乳糖苷 Isorhamnetin xylosyl galactoside 16.91±2.55a 11.55±2.90a pos_87 槲皮素二甲醚异戊酸 Quercetin dimethyl ether isovalerate 8.23±1.05a 19.75±3.49b pos_831 异鼠李素 Isorhamnetin 7.28±4.53a 2.99±0.42a pos_224 山奈酚鼠李糖苷 Kaempferol rhamnoside 5.49±1.13a 4.04±0.92a pos_266 朝藿苷 Caohuoside 3.87±0.58a 3.94±0.89a pos_641 水仙苷 Narcissin 0.72±0.30a 0.30±0.15a pos_712 银杏素 Ginkgetin 0.51±0.13a 0.86±0.22a pos_667 淫羊藿苷 Icariin 0.31±0.06a 0.30±0.07a 黄烷酮 Flavanone pos_209 怀槐黄酮 Maackiaflavanone 11.02±3.37a 15.58±1.37a pos_67 橙皮素 Hesperetin 5.82±0.78a 5.38±1.04a pos_256 圣草酚二甲醚 Eriodictyol dimethyl ether 3.19±0.43a 4.13±0.76a pos_931 生松素 Pinocembrin 2.76±0.94a 1.89±0.27a pos_320 柚皮素吡喃葡萄糖苷 Naringenin glucopyranoside 2.56±0.77a 4.25±0.38a pos_637 新橙皮苷 Neohesperidin 0.56±0.26a 0.55±0.12a pos_623 柑桔黄甙 Naringin 0.47±0.14a 0.36±0.13a 黄烷醇 Flavanol pos_138 儿茶素吡喃葡萄糖苷 Catechin glucopyranoside 2.98±0.84a 1.10±0.18a pos_218 鳞毛蕨素 Dryopteric acid 0.39±0.09a 0.21±0.02a 异黄酮 Isoflavone pos_220 羟基葛根素 Pueraria glycoside 175.19±4.29a 94.63±8.06b pos_48 葡萄糖醇 Glucosylorobol 138.58±7.45a 5.86±2.85b pos_227 黄檀素异黄酮苷 Isovolubilin 49.77±4.68a 39.25±1.64a pos_105 藤黄素甲醚 Fujikinetin methyl ether 20.35±1.52a 10.56±2.66b 异黄酮 Isoflavone pos_327 2′-羟基异黄酮2′-Hydroxygenistein 9.29±0.39a 1.60±0.41b pos_198 气味素 Odoratine 7.57±1.13a 4.83±0.33b pos_156 吡喃葡萄糖基二羟基二甲氧基黄酮 Derrustone 2.43±0.44a 1.89±0.14a pos_221 刺芒柄花素昆布苷 Formononetin laminaribioside 1.13±0.51a 2.17±0.16b pos_696 刺芒柄花苷Ononin 0.62±0.19a 1.31±0.22b pos_135 吡喃型异黄酮 Alpinumisoflavone 0.19±0.11a 0.37±0.03a 查尔酮 Chalcone pos_236 异戊二烯基二氢查尔酮 Prenyldihydrochalcone 30.33±8.23a 41.13±2.13a pos_329 酸模叶蓼异戊酰氧查尔酮 Valafolone 9.59±1.18a 13.43±2.37a pos_91 楮树查耳酮 Broussochalcone 4.43±1.78a 3.84±0.47a pos_318 香叶基二氢查尔酮 Geranyldihydrochalcone 2.64±0.89a 3.02±0.16a pos_78 奥卡宁4-甲醚 Okanin 4-methyl ether 2.183±0.85a 2.62±0.37a pos_246 千斤拔查尔酮 Flemichapparin 0.74±0.44a 0.60±0.07a pos_880 黄腐醇 Xanthohumol 0.12±0.04a 0.19±0.01a 花青素 Anthocyanidin pos_243 锦葵花素葡萄糖苷 Oenin 84.84±1.09a 14.67±1.77b pos_180 锦葵花素 Malvidin 23.79±4.80a 18.59±3.30a 紫檀素 Pterocarpans pos_896 美迪紫檀素 Medicarpin 0.51±0.13a 0.51±0.08a 原花青素 Proanthocyanidins pos_872 原花青素B2 Procyanidin B2 1.01±0.30a 0.35±0.15a 黄酮聚合物 Neoflavonoids pos_733 苏木精 Haematoxylin 2.34±0.87a 2.83±0.96a 橙酮类 Aurone flavonoid pos_321 海生菊甙 Tetrahydroxyaurone 4.73±3.93a 1.51±0.18a 同行数据后不同字母表示差异显著(P < 0.05)。下同 Data followed different letters in the same line indicate significant differences at 0.05 level. The same below

表 2 69种类黄酮及其相对含量 Table 2 69 Flavonoids and their related contents

转录组学分析光照及遮阴环境下生长的柠檬香茅嫩叶，进一步进行类黄酮合成酶基因及其相对表达量比较分析。结果表明，柠檬香茅所含类黄酮生物合成中编码10类酶的54个家族基因(表 3)，具体包括9个CHS、5个CHI、6个F3H、12个F3′H、2个F3′, 5′H、4个DFR、1个ANS、4个FSI、7个IFS和4个IFR。光照和遮阴环境下的类黄酮合成酶基因相对表达量极低且差异表达不明显，只有F3′H (c99177.1、c102417.0)、IFS (c98575.0)、IFR (c99741.0)等4个基因在光照环境下相对表达量更高; 而CHS (c103029.3)、CHI (c97610.0)、DFR (c64180.0)、IFS (c51975.0)、IFR (c99356.0、c102638.1)等6个基因在遮阴环境下相对表达量更高。

表 3(Table 3)

表 3 类黄酮生物合成中编码10类酶的54个基因 Table 3 54 genes encoding 10 kinds of enzymes in flavonoids biosynthesis 酶 Enzyme 编码 ID FPKM 光照 Light 遮阴 Shading 查尔酮合酶 CHS c102453.0 31.47±8.35a 48.12±12.26a c103029.3 13.28±3.07a 46.69±6.80b c53840.0 0.49±0.05a 0.36±0.04a c61556.0 0.42±0.32a 0.01±0.01a c53342.0 0.35±0.36a 1.34±1.09a c82337.0 0.25±0.28a 1.04±0.22a c58201.0 0.15±0.11a 0.06±0.03a c123292.0 0.08±0.09a 0.08±0.07a c61268.0 0.01±0.01a 0.71±1.22a 查尔酮异构酶 CHI c97610.0 1.84±0.65a 6.06±1.24b c125965.0 0.34±0.32a 0.01±0.01a c56435.0 0.05±0.09a 0.13±0.11a c55941.0 0.01±0.01a 0.34±0.59a c87063.0 0.01±0.01a 0.16±0.14a 黄烷酮3-羟化酶 F3H c65851.0 0.49±0.22a 0.85±1.09a c79927.0 0.19±0.20a 0.15±0.14a c125494.0 0.15±0.08a 0.04±0.06a c76857.1 0.11±0.19a 0.01±0.01a c129606.0 0.07±0.11a 0.08±0.14a 类黄酮3′-羟化酶 F3′H c58418.0 0.01±0.01a 0.60±1.03a c99177.1 79.54±11.86a 25.12±10.85b 类黄酮3′-羟化酶 F3′H c101486.1 37.48±3.12a 32.18±23.20a c102417.1 21.48±6.00a 13.79±17.53a c102417.0 19.38±1.51a 8.04±4.61b c87999.0 8.06±4.29a 5.56±5.62a c87999.1 0.92±0.77a 0.43±0.41a c43045.0 0.36±0.32a 0.07±0.13a c70935.1 0.15±0.13a 1.82±3.01a c51141.0 0.06±0.11a 0.88±1.53a c9793.0 0.05±0.08a 0.08±0.07a c70935.0 0.01±0.01a 1.16±0.69a c70935.2 0.01±0.01a 0.14±0.25a 类黄酮3′, 5′-羟化酶 F3′5′H c128107.0 0.03±0.06a 0.09±0.08a c103290.1 0.01±0.01a 1.66±2.88a 二氢黄酮4还原酶 DFR c101521.0 17.53±14.46a 11.25±5.90a c64180.0 1.23±0.85a 8.10±1.68b c95236.0 0.93±0.19a 1.05±0.56a c78526.0 0.01±0.01a 0.51±0.89a 花青素合酶 ANS c87658.0 0.11±0.15a 0.84±0.73a 黄酮合成酶 FSI c50447.0 0.51±0.17a 0.42±0.47a c76071.0 0.17±0.18a 0.31±0.27a c96512.0 0.01±0.01a 2.05±3.43a c96512.1 0.01±0.01a 0.48±0.83a 异黄酮合酶 IFS c98575.0 311.17±18.77a 82.50±20.93b c58030.0 1.29±0.82a 4.83±1.13a c51975.0 1.17±0.43a 8.04±3.80b c99904.0 0.59±0.54a 2.11±2.23a c88034.1 0.01±0.01a 3.93±6.80a c94661.0 2.01±0.01a 2.67±0.53a c85434.1 0.01±0.01a 0.08±0.14a 异黄酮还原酶 IFR c99741.0 36.46±16.11a 8.90±5.66b c99356.0 7.20±0.99a 26.41±7.40b c102638.1 3.74±1.30a 14.55±3.83b c92050.1 2.80±1.86a 0.14±0.09a

表 3 类黄酮生物合成中编码10类酶的54个基因 Table 3 54 genes encoding 10 kinds of enzymes in flavonoids biosynthesis

根据转录组测序结果，选择光照和遮阴环境下生长的柠檬香茅中FPKM值差异明显的5个类黄酮合成酶相关基因(表 4)进行qRT-PCR检测，结果表明，该5个参与类黄酮合成酶基因中的3个下调、2个上调与转录组中FPKM值变化一致(图 1)，而二者检测结果中的差异表达倍数存在一定差异。

表 4(Table 4)

表 4 荧光定量PCR分析柠檬香茅中5个差异表达基因 Table 4 Five differential expressed genes in Cymbopogon citratus by qRT-PCR 编码 ID 基因 Gene RNA-Seq FPKM 光照Light 遮阴Shading C99566.2 Actin 11.0 11.8 C99177.1 F3′H 69.2 18.9 C102417.0 F3′H 25.5 5.6 C99741.0 IFR 41.0 5.9 C102638.1 IFR 4.7 17.4 C51975.0 IFS 1.3 11.2

表 4 荧光定量PCR分析柠檬香茅中5个差异表达基因 Table 4 Five differential expressed genes in Cymbopogon citratus by qRT-PCR

图 1(Fig. 1)

图 1 5个差异表达基因的qRT-PCR验证。*: P < 0.05 Fig. 1 qRT-PCR analysis of 5 differential expressed genes. *: P < 0.05

香茅研究主要集中在精油提取、功效评价及利用等，目前并未见香茅类黄酮相关成分研究报道, 而植物类黄酮成分鉴定、功效评价以及类黄酮代谢过程中相关基因资源克隆及转基因利用等一直为研究热点^[29–31]。同时，随着香茅种植面积扩大及所需土地利用率的提高，香茅种植出现间作及套种等栽培模式，因此香茅常在光线不够充足环境下生长。本研究以光照和遮阴两组柠檬香茅为材料进行代谢组检测结合转录组测序，代谢组学研究获得柠檬香茅中11类共69种类黄酮化合物，绝大多数类黄酮化合物在光照环境下相对含量偏高，尤其黄酮中荭草素阿拉伯呋喃糖苷、鼠李糖基人参素和芦丁, 黄酮醇中紫云英苷，异黄酮中葡萄糖醇等代谢物在光照环境下相对含量显著提高。光线不足会影响柠檬香茅生长期的生物产量^[1]，本研究表明，遮阴极大地降低柠檬香茅类黄酮的整体含量，这与前人^[32]报道提高光照强度能显著提高植物类黄酮含量相吻合。本研究表明黄酮中芹菜素鼠李糖苷，黄酮醇中淫羊藿属苷和槲皮素二甲醚异戊酸, 异黄酮中刺芒柄花素昆布苷和刺芒柄花苷等少量类黄酮代谢物在光照环境下相对含量更低。

转录组研究柠檬香茅所含类黄酮生物合成中编码10类酶的54个基因中，F3′H、IFS、IFR等4个基因在光照环境下相对表达量更高；而CHS、CHI、DFR等6个基因在遮阴环境下相对表达量更高。虽然柠檬香茅中存在大量类黄酮合成相关家族酶基因，但在光照和遮阴环境下差异表达明显的只有少数，这少数差异表达的类黄酮合成酶基因与类黄酮总体含量趋势相关性不明显，这主要是因为类黄酮化合物种类繁多，其生物合成路线复杂，不同合成酶基因只与其中某类(或某几类)黄酮化合物关联性密切^[14]，如DFR、FLS、LAR、ANS、ANR和UF3GT等催化花青素及黄酮醇和原花青素的合成, 这些酶基因中的DFR和ANS催化二氢黄酮醇转换成不稳定的花色素，然后UF3GT催化这些不稳定的花色素发生糖基化反应，形成有色的相对比较稳定的花色素苷；原花青素的合成从无色花青素和花色素经过LAR或ANR催化形成儿茶素或表儿茶素；多酚氧化酶催化无色花青素分子加入到儿茶素或表儿茶素形成原花青素多聚体；原花青素和花青素的合成过程中使用共同的底物，因此这些平行途径之间存在的竞争可能是决定花青素或原花青素合成的重要调控机制。此外，类黄酮合成受内部因素相关合成酶基因影响外，还与其转录因子如MYB、bHLH和WD40等密切相关，同时类黄酮合成还与外部因素如光照、温度、水分及营养物质等外部因素有关，因此，在遮阴和光照环境下，柠檬香茅中少数差异表达的类黄酮合成酶基因与类黄酮总体含量趋势相关性不明显。

综上，柠檬香茅富含类黄酮化合物，其合成酶基因种类繁多且含有大量家族基因。遮阴不仅会抑制柠檬香茅的营养生长，而且同时降低了柠檬香茅中大多数类黄酮化合物的相对含量，但类黄酮合成代谢相关酶基因上下调表达趋势规律不明显。